Aðeins tvær þjóðaratkvæðagreiðslur hafa farið fram á lýðveldistíma. Til stóð að þriðja þjóðaratkvæðagreiðslan færi fram en áður samþykkt lög voru afturkölluð þannig að hætt var við hana elleftu stundu. Í öllum þrem tilvikum var um að ræða stjórnskipunarkreppu. Óeining var hjá ríkisvaldinu og neyðarúrræðið var þjóðaratkvæðagreiðsla.
Vorið 2004 voru samþykkt á alþingi fjölmiðlalög sem takmörkuðu eignarhald (auð)manna á fjölmiðlum. Enginn mátti eiga stærri hlut í fjölmiðli en nam 25 prósent. Ríkisstjórn Davíðs Oddssonar fékk lögin samþykkt. Ólafur Ragnar Grímsson forseti synjaði lögunum staðfestingar og til stóð að þau færu í þjóðaratkvæðagreiðslu. Ríkisstjórnin sá fram á að tapa þjóðaratkvæðagreiðslunni og afturkallaði fjölmiðlalögin og ekkert varð úr að málið færi fyrir þjóðina.
Fyrstu tvær, og einu, þjóðaratkvæðagreiðslur lýðveldistímans fóru fram árin 2010 og 2011. Í báðum tilfellum var um að ræða að Icesave-lög, um að Íslendingar bæru ábyrgð á skuldum einkabankanna Landsbanka og Kaupþings í Hollandi og Bretlandi. Ólafur Ragnar Grímsson forseti synjaði í tvígang Icesave-lögum staðfestingar. Tvær þjóðaratkvæðagreiðslur voru haldnar, árin 2010 og 2011. Ríkisstjórn Jóhönnu Sigurðardóttur, Samfylking og Vinstri grænir, stóð fyrir lögunum.
Björn Bjarnason fyrrverandi ráðherra telur að boðuð þjóðaratkvæðagreiðsla um ESB-aðlögun sýni skýr merki um að vera afleiðing af pólitískri kreppu. Ekki stjórnskipunarkreppu, líkt og 2004, 2010 og 2011, heldur kreppu innan ríkisstjórnarinnar. Björn skrifar:
„Á alþingi er nú beitt óvenjulegri hörku við meðferð umdeildra mála. Umræður eru stöðvaðar, umsagnir takmarkaðar og gestakomur í þingnefndir bannaðar. Markmiðið er að koma málum í gegnum þingið án þess að sú spenna sem ríkir milli stjórnarflokkanna komi upp á yfirborðið.“
Um undirbúning þjóðaratkvæðagreiðslunnar á alþingi segir Björn:
„Bolabrögðin sem beitt var í utanríkismálanefnd þingsins voru ekki annað en æfing fyrir afgreiðslu ESB-málsins þar. Starfsandinn hefur verið eyðilagður í nefndinni, umsagnir eru að engu hafðar og beiðnum um þær er hafnað. Það er talið best að undirbúa jarðveginn á þennan hátt. Ætlunin er að keyra ESB-tillöguna í gegn með frekjuna í forgangi en þau orð á vörunum að þeir sem krefjist vandaðra vinnubragða séu andstæðingar þess að þjóðin fái að nýta lýðræðislegan rétt sinn.“
Hagstofan heldur utan um tölfræði þjóðaratkvæðagreiðslna. Einu þjóðaratkvæðagreiðslur lýðveldissögunnar gáfu skýrt og ákveðið nei.